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造成徒長，使蕾鈴脫落，給管理增加難度。為了緩解這一現象，又需要購買縮節胺等激素進行化控，這是自相矛盾的做法，促進在前控制在后，自找麻煩，費工費時又費錢。
加重病蟲害發生。研究結果表明，棉鈴蟲的發生與大量施用氮肥成正比；棉花對枯黃萎病的抵抗力與施氮肥量成反比。這是因為枯黃萎病是由真菌侵染引起的，在環境條件優良的情況下（如晴天）光合作用強。
吸收的氮及時被合成為蛋白質，棉花植被在低氮高碳狀態下抵抗力較強，不易被感染。即使被感染，也因病菌繁殖慢不易表現出病癥。
但在惡劣條件下光合作用弱，根系吸收大量的氮不能立即轉化成蛋白質，使植物體處于高氮低碳的弱體質狀態，此時的氮便被病菌利用而快速繁殖破壞棉花的傳導組織。天氣轉晴，因體內水分供應不上，其他有關營養也供應不及時，便立即表現為病態。
如果氮肥施用適量，上述癥狀將明顯減輕，這一結論可以從不施氮肥的地塊看出很少發生枯黃萎病得以驗證。棉花是需肥量較大的作物，由于施肥不合理，會出現棉花產量不隨施肥量的增加而增加，反因氮肥施用過量而增加防治病蟲害的投資。
